上海海洋大学期刊中心全面负责《水产学报》、《上海海洋大学学报》和《渔业学报（英文）》（Aquaculture and Fisheries）三本期刊编辑出版发行等工作。
《水产学报》是由中国科协主管、中国水产学会主办、科学出版社出版的以反映我国水产科学技术成果为主的学术类核心期刊(中国科学引文数据库CSCD核心期刊、中国科技论文统计源核心期刊、北大中文核心期刊)。本刊创刊于1964年,是中国水产科学研究领域历史最为悠久的刊物之一, 是促进中国水产科学研究发展、加强国际间学术交流、展示中国水产科学领域最新科研成果与研究进展的重要平台，主要刊载水产基础研究、水产养殖和增殖、渔业水域环境保护、水产品保鲜加工与综合利用、渔业机械仪器等方面的论文和综述，目前所发表的论文主要是国家自然科学基金、国家攀登计划、国家“863”和“973”计划、国家重点科技攻关和国际合作研究等重大项目的研究成果，代表了我国水产学科的学术水平和发展动向，反映了我国水产科技研究的新成果和新思路。本刊作为广大从事水产专业的科研人员、生产管理人员和高校师生推广成果、探讨学术的一块园地，在科研和教学中具有重要的参考作用。《水产学报》已加入了中文期刊全文数据库、中国学术期刊综合评价数据库、中国生物学文献数据库、清华大学（光盘版）电子刊物数据库、万方数据网络中心，读者在阅读纸质杂志的同时，还可以在网络上查询《水产学报》的电子刊物。《水产学报》作为文献源被美国《化学文摘》（CA,Chemical Abstracts）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、英国《农业与生物科学研究中心文摘》（CAB Abstracts）、英国《全球健康》（Global Health）、美国《剑桥科学文摘》CSA（NS）、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》（JST）、英国《动物学记录》（ZR，Zoological Record）、美国《乌利希期刊指南》（UPD，Ulrich's Periodicals Directory）、《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文索引》、《中国学术期刊文摘（中、英文版）》、《中国生物学文摘》、《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《水产学报》2015年，2018年获国家百强期刊称号； 2002-2009年，2011-2019年“百种中国杰出学术期刊”；2008年、2011年、2014年、2017、2020年科技部“中国精品期刊”；2009年、2012年、2015年、2018、2021年“华东地区优秀期刊”；2006年-2009年获中国科协“精品期刊工程项目（C类）”资助；2009-2012年获中国科协“精品期刊工程项目（B类）”资助；2012-2015年获中国科协“期刊学术质量提升项目（B类）”资助；2015-2018年获中国科协TOP50项目资助。2012年、2014年、2015年、2016年、2017年、2018年被评为“中国国际影响力优秀学术期刊”；2015年被评为RCCSE“中国权威学术期刊”；2017年、2018年被评为“中国高校杰出学术期刊”；2019年获“北京国际图书博览会70周年精品期刊”；2020年获“中国高校百佳科技期刊”；2021年获“首届方正电子杯优秀封面”。
《上海海洋大学学报》（原《上海水产大学学报》）创刊于1992年，是由上海市教育委员会主管、上海海洋大学主办，以水产科学技术为主的综合性学术期刊。在反映学校各学科科学研究的同时，兼收国内外水产行业最新科学研究动态和成果，促进了学术与教学研究的交流与繁荣。《上海海洋大学学报》每年与日本、韩国、菲律宾、英国、加拿大等国的有关机构和图书馆建立期刊交流关系，并通过中国国际图书贸易总公司对国外发行。除书本式发行外，《上海海洋大学学报》还加入了《中国知网》的独家代理发行，并从2013年开始参加中国知网的优先出版，使作者的文章能第一时间面向读者。《上海海洋大学学报》作为文献源被《化学文献》（CA）、俄罗斯《文摘杂志》（AJ,VINITI）、日本《CBST 科学技术文献速报》、《日本科学技术振兴机构中国文献数据库》、《水科学和渔业文摘》（ASFA）、《中国科学引文数据库（CSCD）》、《中国生物学文摘》、《中国水产文摘》等众多国内外检索期刊收录。《上海海洋大学学报》被北京大学图书馆定为“中文核心期刊”、被中国科学院文献情报中心定为“中国科学引文数据库（CSCD）核心期刊”、被中国科学技术信息研究所定为“中国科技核心期刊”、2023年10月被Scopus数据库收录。2006年，《上海海洋大学学报》荣获教育部科学技术司颁发的“首届中国高校优秀期刊奖”，2013年、2014年连续两年获得教育部科技发展中心颁发的“中国科技论文在线优秀期刊”二等奖，2014年荣获教育部科学技术司颁发的“第五届中国高校优秀期刊奖”，2018年获“中国高校科技期刊研究会2018年度高校优秀科技期刊奖” “第三届上海市高校优秀科技期刊奖”。连续多年入选“上海高等教育高水平学术期刊建设支持计划”。2020年获得“中国高校百佳科技期刊奖”，2021年获得“第四届上海市高校精品科技期刊奖”。
《渔业学报（英文）》（Aquaculture and Fisheries，简称AAF）于2015年11月经国家新闻出版广电总局批复同意创办，是中国大陆第一本正式获批创刊的水产类英文学术期刊，中文名称为《渔业学报（英文）》，现任主编是中国科学院水生生物研究所桂建芳院士、上海海洋大学黄硕琳教授和美国纽约州立大学陈勇教授，主办单位是中国水产学会、上海海洋大学、中国科技传媒股份集团有限公司。AAF以推动水产科技的发展为己任，致力于反映世界水产科技的新概念、新成果、新进展，为水产科研人员进行学术交流、开展学术讨论和跟踪学科前沿、发展水产事业提供服务，主要刊登水产基础研究、水产养殖和增殖、渔业水域环境保护、水产品保鲜加工与综合利用、渔业机械仪器等方面的论文、研究简报和综述等。AAF的创刊，填补了我国水产学科英文期刊的空白。AAF第一届编委会于2016年9月成立，共45人，其中国际编委22人。所有论文在https://www.sciencedirect.com平台以Open Access的方式在线发表，双月刊。AAF于2018年2月被DOAJ数据库收录，2019年3月被Scopus数据库收录，2019年7月被BIOSIS Previews和Biological Abstracts数据库收录，2023年被CSCD-C数据库收录。2020年入选“中国最具国际影响力学术期刊（自然科学与工程技术），2021-2023年入选“中国国际影响力优秀学术期刊（自然科学与工程技术）”。2021年11月，根据中国科学文献计量评价研究中心发布的《世界学术期刊影响力指数WAJCI年报》，1429种中国学术期刊与11659种海外学术期刊“同台竞技”结果显示， AAF是“渔业”学科中唯一一本进入Q2区的中国大陆举办的学术期刊；2023年11月，最新的《世界学术期刊影响力指数WAJCI年报》统计表明，AAF在“水产学”分类期刊中排第18位，较2022年上升一位，位于Q2区的第一位。